除去寄生虫外，鱼类中含有较多的细菌，这些细菌都是在加工运输过程中污染鱼类的。虽然大部分细菌对人危害不大，但是其中的大肠埃希菌可以引起食物中毒，腹泻、腹痛，还会恶心。

有人会提出质疑，吃生鱼片的时候蘸用的芥末、食醋、白酒、蒜泥或生姜等调料对消灭寄生虫和细菌有没有效果呢?   　

　2001年，延边大学医学院发表了一篇文章——《简单异尖线虫幼虫对调味品、抗蠕虫药和中药的耐受试验》，其中提到，在食醋中，异尖线虫可以存活105小时;在蒜泥汁中，可以存活7小时;生姜汁中能够存活10小时;在高浓度白酒中，存活时间较短，只有24分钟。至于芥末的杀虫能力在2006年宁波市疾控中心发布的《东海鱼类异尖线虫感染调查及其幼虫对青芥辣的耐受研究》也有数据支持：在芥末液体中浸泡55分钟才能杀死异尖线虫!   　　

有人会拿日本人常吃生三文鱼片来反对，殊不知，日本大部分三文鱼是纯人工饲料进行喂养的，食物中没有鱼类，以此来保证养殖的三文鱼不会感染并产生寄生虫。但是防不胜防，日本报道人体感染异尖线虫病例有14000多例，号称世界之最。